O Porto de São Francisco do Sul é o quinto maior porto brasileiro em movimentação de contêineres e o sexto em volume de cargas, conforme a Administração do Porto, autarquia do Governo do Estado de Santa Catarina. Localizado na Ilha de São Francisco do Sul, litoral norte, a 45 km de Joinville, 60 km de Jaraguá do Sul, 160 km de Blumenau e 200 km de Florianópolis, o porto funciona de um terminal privado. O canal de acesso do Porto de São Francisco do Sul tem 9,3 km de extensão por 150m e cerca de 13m de calado. Sua bacia de evolução tem cinco áreas de fundeadouros oficiais somados à área de manobra para atracação, com profundidade variável entre 10 e 19 metros.
Recentemente, foi assinado edital para licitar as obras de construção do novo portão de acesso (Gate-in) do SCPar Porto de São Francisco do Sul. A obra tem investimento orçado em R$ 4,7 milhões e vai permitir dobrar a capacidade de atuação do terminal portuário. Atualmente, o porto possui um acesso com duas balanças. O novo portão terá mais três balanças rodoviárias eletrônicas que vão agilizar as operações do porto. O prazo para a execução da obra é de nove meses. Além disso, o Porto de São Francisco do Sul tem previsto muitos investimentos. Além da implantação de oito torres de iluminação e a troca de todo o sistema elétrico no pátio externo, obra com 5% já executada, está entre as mudanças mais significativas com investimento previsto de R$ 9,7 milhões.
Outro aporte financeiro de R$ 8 milhões será destinado à obra do aterro do Berço 201. A atual área alagada está localizada dentro do pátio de circulação de mercadorias e depois de executada vai ampliar a operação no local. A previsão é investir 140 milhões no quinquênio, tudo para melhorar a capacidade operacional do porto. Esses investimentos compreendem obras, melhorias em berços de atração dos navios, iluminação e pavimentação.

Crescimento

O ano de 2017 foi de crescimento no Porto de São Francisco do Sul. Comprovando as tendências registradas durante todos os meses do ano, a movimentação final do Porto foi 17% superior à registrada em 2016. Ao todo, foram movimentadas 12.188.865 toneladas de mercadorias. A exportação também teve um crescimento positivo, já que aumentou 25%. Entre os destaques do ano, a exportação de milho em grãos cresceu 71%, de celulose 36% e de soja em grãos 18%. Já na importação, destaque para o trigo, que aumentou 225% e vergalhões de aço, 153%. Em dezembro de 2017 foi sancionada a lei que autorizou a extinção da autarquia Administração do Porto de São Francisco do Sul. A partir de então, o Governo do Estado de Santa Catarina criou a Sociedade de Propósito Específico (SPE) que passou a administrar o terminal portuário agora denominado de SCPar Porto de São Francisco do Sul. A SPE também é subsidiária da empresa estadual SCPar, assim como a SCPar Porto de Imbituba, criada para administrar o porto do Litoral Sul desde 2012.